在公司档案管理制度中存在的风险主要包括信息泄露、文件丢失、存档不规范等问题。管理者可以采取以下措施来应对这些风险：
建立严格的档案管理制度：明确文件的归档、保存、销毁等流程，制定相关规定和标准，确保文件管理的规范性和可控性。
加强信息安全控制：对重要文件进行加密、权限控制，限制访问范围；定期对系统进行安全检查，防止黑客入侵。
定期备份文件：建立定期备份机制，确保文件内容的安全性和完整性，一旦发生意外情况，能够及时恢复数据。
培训员工：加强员工的档案管理意识和能力培训，让他们了解档案管理的重要性，提高操作规范性和安全性。
引入档案管理软件：利用现代化的档案管理软件，提高档案管理效率，减少人为错误的发生。
定期审查和评估：定期对档案管理制度进行审查和评估，发现问题及时调整和改进，确保档案管理制度的有效性。
为了更具体地说明，可以举例说明：某公司在未建立严格的档案管理制度时，因为文件混乱、存档不规范，导致了客户信息泄露的风险；而在建立规范的档案管理制度后，公司明确了文件保存的流程、加强了信息安全控制，有效降低了信息泄露的风险。