在中轴线上的主体建筑，就是眼前这座大雄宝殿。因传说建殿之时有紫云盖地，所以又叫紫云大殿。大殿上方这块巨匾写有“桑莲法界”四个魏碑风格的大亨，以应桑开白莲之说。早在唐朝初期，泉州已盛产丝绸。这片地原是大财主黄守恭的桑树园，后来捐给匡护大师建寺。关于这件事，有一个很动人的传说：一天，黄守恭梦见有一个僧人向他募地建寺，他说等桑树开白莲花后就献地结缘。几天后，满园桑树果然都开出白莲花，黄守恭深被无边佛法所感动，果然把这片桑树园捐献出来。其实，黄守恭本为乐善好施之人，桑开白莲之说乃是人们敬慕佛祖，附会而成，但这一神奇的传说却为泉州人民所津津乐道，世代相传，因而开元寺也得了“桑莲法界”的美称。
大殿正中供奉的是御赐佛像毗卢遮那佛，汉译大日如来，是佛教密宗的最高神抵。其两旁是五代王审邽修大殿时增塑的四尊大佛，依次为东方香积世界阿閦佛，南方欢喜世界是宝生佛，西方极乐世界阿弥陀佛，北方莲花世界成就佛，合称五方佛，也叫五智如来。这五尊大佛金光闪烁，衣纹清晰，神容慈祥，法相庄严，双手分别作说法、施与、接引、禅定等相，工艺精巧，令人叹绝。五方佛的胁侍有文殊、普贤、阿难、迦叶以及观音、势至、韦驮、关羽、梵王、帝释等诸天菩萨、护法神将共10尊。在大殿后正中供奉着密宗六观音的首座圣观音以及善才、龙女和两翼神态各异的十八罗汉。开元寺历代住持皈宗不一：有法相宗、律宗、净土宗、密宗、禅宗等宗派，而大殿却能保持这种罕见的规制，这既值得夸耀，也是值得研究的。
在五方佛前石柱和珩梁接合次，有两排相向的24尊体态丰腴、纹饰华丽、色彩斑斓，双翼舒展的天女，梵文“频伽”(即妙音鸟)。据佛经说：此鸟发声微妙，仙音优雅，连歌神紧那罗都不及她。他们原是佛的侍者，而能工巧匠们把她们的下半身嵌人柱榫里，翼胁之下爪足外露，上半身向前伸出，昂首挺胸，短衣半袒，樱洛圈胫胚，双臂伸展，腕着驯镯，手棒文房四宝，瓜果点心，丝竹管弦，翩翩若仙。他们不但给人以美的艺术享受，而且用以代替斗拱，依托粗大的珩梁，减少其过大的跨度，极为巧妙地将宗教、艺术与建筑融合起来，令人称绝。