一、新的玻璃器皿的洗消:
1.自来水刷洗,除去灰尘。
2.烘干、泡盐酸:烤箱中烘干,然后再浸入5%稀盐酸中12小时以除去脏物、铅、砷等物。
3.刷洗、烘干:12小时后立即用自来水冲洗,再用洗涤剂刷洗,自来水冲干净后用烤箱烘干。
4.泡酸、清洗:用清洁液(重铬酸钾120g:浓硫酸200ml:蒸馏水1000ml)浸泡12小时,然后从酸缸内捞出器皿用自来水冲洗15次,最后蒸馏水冲洗3-5次和用双蒸水过3次。
5.烘干、包装:洗干净后先烘干,然后用牛皮纸(油光纸)包装。
6.高压消毒:包装好的器皿装入高压锅内盖好盖子,打开开关和安全阀,当蒸气成直线上升时,关闭安全阀,当指针指向15磅时,维持20-30分钟。
7.高压消毒后烘干
二、旧的玻璃器皿的洗消:
1.刷洗、烘干:使用过的玻璃器皿可直接泡入来苏尔液或洗涤剂溶液中,泡过来苏尔
溶液(洗涤剂)的器皿要用清水刷洗干净,然后烘干。
2.泡酸、清洗:烘干后泡入清洁液(酸液),12小时后从酸缸内捞出器皿立即用自来水冲洗(避免蛋白质干涸后粘附于玻璃上难以清洗),再用蒸馏水冲洗3次。
3.烘干、包装:洗干净的器皿烘干后取出用牛皮纸(油光纸)等包装,以便于消毒储存及防止灰尘和再次被污染。
4.高压消毒:包装好的器皿装入高压锅内,盖好盖子,打开开关和安全阀,随着温度的上升安全阀冒出蒸气,当蒸气成直线冒出3-5分钟后,关闭安全阀,气压表指数随之上升,当指针指向15磅时,调节电开关维持20-30分钟即可。(玻璃培养瓶消毒前可将胶帽轻轻盖上)
5.烘干备用:因为高压消毒后器皿会被蒸气打湿,所以要放入烤箱内烘干备用。
金属器械洗消:
金属器皿不能泡酸,洗消时可先用洗涤剂刷洗,后用自来水冲干净,然后用75%酒精擦拭,再用自来水,然后用蒸馏水冲洗,再烘干或空气中晾干。放入铝制盒内包装好在高压锅内15磅高压(30分钟)消毒,再烘干备用。
橡胶和塑料:
橡胶和制品通常处理方法是:先用洗涤剂洗刷干净,再分别用自来水和蒸馏水冲干净,再用烤箱烘干,然后根据不同品质进行如下的处理程序:
1 . 针式滤器帽不能泡酸液,用NaOH泡6-12小时,或者煮沸20分钟,在包装之前要装好滤膜两张,安装滤膜时注意光面朝上(凹向上),然后将螺旋稍微拧松一些,放入铝盒中在高压锅内15磅30分钟消毒,再烘干备用。注意在超净台内取出使用时应该立即将螺旋旋紧。
2. 胶塞烘干后用2%氢氧化钠溶液煮沸30分钟(用过的胶塞只要用沸水处理30分钟),自来水洗净,烘干。然后再泡入盐酸液30分钟,再用自来水,蒸馏水,三蒸水洗净,烘干。最后装入铝盒内高压消毒,烘干备用。
3. 胶帽,离心管帽烘干后只能在2%氢氧化钠溶液中浸泡6-12小时(切记时间不能过长),自来水洗净,烘干。然后再泡入盐酸液30分钟,再用自来水,蒸馏水,三蒸水洗净,烘干。最后装入铝盒内高压消毒,烘干备用。
4. 胶头可用75%酒精浸泡5分钟,然后紫外照射后使用即可。
5.塑料培养瓶,培养板,冻存管:
6.其他消毒方法:有的物品既不能干燥消毒,又不能蒸气消毒,可用70%酒精浸泡消毒。塑料培养皿打开盖子,放在超净台台面上,直接暴露在紫外线下消毒。也可用氧化乙烯消毒塑料制品,消毒后需要用2—3周时间洗除残留的氧化乙烯。用20000—100000rad的r射线消毒塑料制品效果最好。
为了防止清洗器材已消毒与末消毒发生混淆,可在纸包装后,用密写墨水作好标记。其法即用沾水笔或毛笔沾以密写墨水,在包装纸上作一记号,平时这种墨水不带痕迹,一经高温,即出现字迹,从而可以判定它们是否消毒。密写墨水的配制:氯化钻
(CoC12?6H2o)2g,30%盐酸10m1,蒸馏水88m1。
注意事项:
1.严格执行高压锅的操作规程:高压消毒时,先检查锅内是否有蒸馏水,以防高压时烧干,水不能过多因为其将使空气流畅受阻,会降低高压消毒效果。检查安全阀是否通畅,以防高压时爆炸。
2.安装滤膜时注意光面朝上:注意滤膜光滑一面是正面,要朝上,否则起不到过滤的作用。
3.注意人体的防护和器皿的完全浸泡:A.泡酸时要戴耐酸手套,防止酸液溅起伤害人体。B.从酸缸内捞取器皿时防止酸液溅到地面,会腐蚀地面。C.器皿浸入酸液中要完全,不能留有气泡,以防止泡酸不彻底。
PCR实验操作程序
1. 在无菌的0.5ml或0.2ml离心管中按下列操作程序加样:
2. 反应物 加样顺序 体积(μl) 终浓度
3. 去离子水 1 29.4
4. 10×Buffer B 2 5 1×
5. 4×dNTP混合物 3 5 各200μmol/L
6. MgCl24 3 1.5mmol/L
7. 有义引物 5 2.6 0.25μmol/L
8. 反义引物 6 2.6 0.25μmol/L
9. 模板 7 2 0.1μg
10. TaqDNA聚合酶 8 0.4 1unit
11. 2. 用微量可调加样器和一次性Tip向每一管中加50μl矿物油。每加一管换一次Tip。
12. 3. 振荡每只管,然后短暂离心。
13. 4. 将管放到预热的热循环中,按下列程序开始循环:
14. 预变性 94℃ 4分钟 1次
15. 变性 94℃ 1分钟
16. 退火 37-65℃ 1分钟
17. 延伸 72℃ 1分钟
18. 循环30次
19. 终延伸 72℃ 7分钟 1次
20. 保存 4℃
21. 5. 将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳,分析结果。电泳条件:60-80V,15-20分钟。
22. 6. 紫外分析仪检查电泳结果。
23. 四、讨论
24. 1.假阴性,不出现扩增条带
25. PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的质量,④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。
26. 模板:①模板中含有Taq酶抑制剂,②在提取制备模板时丢失过多,或吸入酚。③模板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时,不出现扩增带,有可能是模板核酸提取过程出了毛病,可使用阳性对照的DNA模板配合检查模板质量。
27. 酶失活:需更换新酶,或新旧两种酶同时使用,以分析是否因酶的活性丧失或不够而导致假阴性。
28. 引物:引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称,是PCR失败或扩增条带不理想、容易弥散的常见原因。有些批号的引物合成质量有问题,两条引物一条浓度高,一条浓度低,造成低效率的不对称扩增,对策为:①选定一个好的引物合成单位。②引物的浓度不仅要看OD值,更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳,一定要有引物条带出现,
而且两引物带的亮度应大体一致,如一条引物有条带,一条引物无条带,此时做PCR有可能失败,应和引物合成单位协商解决。如一条引物亮度高,一条亮度低,在稀释引物时要平衡其浓度。③引物应高浓度小量分装保存,防止多次冻融或长期放冰箱冷藏,导致引物变质降解失效。④引物设计不合理,如引物长度不够,引物之间形成二聚体等。
29. Mg2+浓度:Mg2+离子浓度对PCR扩增效率影响很大,浓度过高可降低PCR扩增的特异性,浓度过低则影响PCR扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带。
30. 反应体积的改变:通常进行PCR扩增采用的体积为20ul、30ul、50ul、或100ul,应用多大体积进行PCR扩增,是根据科研和临床检测不同目的而设定,在做小体积如20ul 后,再做大体积时,一定要模索条件,否则容易失败。
31. 物理原因:变性对PCR扩增来说相当重要,如变性温度低,变性时间短,极有可能出现假阴性;退火温度过低,可致非特异性扩增而降低特异性扩增效率,退火温度过高影响引物与模板的结合而降低PCR扩增效率。有时还有必要用标准的温度计,检测一下 扩增仪或水溶锅内的变性、退火和延伸温度,这也是PCR失败的原因之一。
32. 靶序列变异:如靶序列发生突变或缺失,影响引物与模板特异性结合,或因靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列,其PCR扩增是不会成功的。
33. 2.假阳性
34. 出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致,有时其条带更整齐,亮度更高。
35. 引物设计不合适:选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性,因而在进行PCR
扩增 时,扩增出的PCR产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出现假阳性。需重新设计引物。
36. 靶序列或扩增产物的交叉污染:这种污染有两种原因:一是整个基因组或大片段的交叉污染,导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决:①操作时应小心轻柔,防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外。②除酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或器材均应高压消毒。所用离心管及样进枪头等均应一次性使用。③必要时,在加标本前,反应管和试剂用紫外线照射,以破坏存在的核酸。二是空气中的小片段核酸污染,这些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。可互相拼接,与引物互补后,可扩增出PCR产物,而导致假阳性的产生,可用巢式PCR方法来减轻或消除。
37. 3.出现非特异性扩增带
38. PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带。非特异性条带的出现,其原因:一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低,及PCR循环次数过多有关。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。其对策有:①必要时重新设计引物。②减低酶量或调换另一来源的酶。③降低引物量,适当增加模板量,减少循环次数。④适当提高退火温度或采用二温度点法(93℃变性,65℃左右退火与延伸)。
39. 4.出现片状拖带或涂抹带
40. PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。其原因往往由于酶量过多或酶的质量 差,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多引起。其对策
有:①减少酶量,或调换另一来源的酶。②减少dNTP的浓度。③适当降低Mg2+浓度。④增加模板量,减少循环次数。
PCR及RT-PCR之基础问题解答
1. 问题:RT-PCR灵敏度:在琼脂糖凝胶分析中看到少量或没有RT-PCR产物。
可能原因:
1)RNA被降解
建议解决方法:
在用来验证完整性之前先在变性胶上分析RNA使用良好的无污染技术分离RNA;
在将组织从动物体取出后立刻处理在100%甲酰胺中储存RNA;
如果使用胎盘RNase抑制剂,不要加热超过45℃或pH超过8.0,否则抑制剂或释放所有结合的RNase。而且,在≥0.8mM DTT时加入RNase抑制剂,一定要存在DTT。
2)RNA中包含逆转录抑制剂
建议解决方法:
通过乙醇沉淀RNA除去抑制剂。用70%(v/v)乙醇对RNA沉淀进行清洗。可以加入糖元(0.25μg到0.4μg/μl)以帮助小量样品RNA的恢复。
逆转录抑制剂包括:SDS,EDTA,甘油,焦磷酸钠,spermidine,甲酰胺和胍盐。
将对照RNA同样品混合,同对照RNA反应比较产量以检验抑制剂。
3)多糖同RNA共沉淀
建议解决方法:
使用氯化锂沉淀RNA以除去多糖。
4)用于合成cDNA第一链合成的引物没有很好退火
建议解决方法:
确定退火温度适合您的引物。对于随机六聚体,建议在反应温度保温之前先在25℃保温10分钟。
对于基因特异性引物(GSP),可以试一下其他GSP,或换用oligo(dT)或随机六聚体.
确定GSP是反义序列。
5)起始RNA量不够
建议解决方法:
增加RNA量。
对于<50ng的RNA样品,可以在第一链cDNA合成中使用0.1μg到0.5μg乙酰BSA。
6)RNA模板二级结构太多
建议解决方法:
将RNA和引物在不含盐及缓冲液条件下变性/退火.
提高逆转录反应温度,对SuperScriptⅡ可以到50℃,对ThermoScript可以到65℃。
注意:不要在>60℃时使用oligo(dT)引物,选择一个在反应温度可以退火的GSP。对于>1kb的RT-PCR产物,保持反应温度≤65℃。
注意:不要在高于37℃时使用M-MLV。
如果不需要全长cDNA,在第一链反应中使用随机引物。
7)引物或模板对残余的RNA模板敏感
建议解决方法:
在PCR前用RNaseH处理。
8)靶序列在分析的组织中不表达
建议解决方法:
尝试其他靶序列或组织
9)PCR没有起作用
建议解决方法:
对两步法RT-PCR,不要在PCR步骤中使用超过1/5的逆转录反应产物。
2.问题:PCR灵敏度:在琼脂糖凝胶分析中看到少量或没有RT-PCR产物。
可能原因:
1)PCR引物设计较差
建议解决方法:
避免在引物3'端含有互补序列。避免可以形成内部发卡结构的序列。设计Tm类似的引物。
2)DNA含有抑制剂
建议解决方法:
诸如DMSO,SDS和甲酰胺之类的试剂会抑制Taq DNA聚合酶。如果怀疑污染了抑制剂,可以使用乙醇沉淀DNA。
3)富含GC的模板
建议解决方法:
对于GC含量>50%的模板,使用PCRx Enhancer Solution。
4)模板浓度太低
建议解决方法:
使用104拷贝的靶序列,以在25到30个循环中获得信号。
5)镁离子浓度太低
建议解决方法:
从1mM到3mM,间隔0.5mM进行一系列反应,确定对于每个模板和引物对的最佳镁离子浓度。注意:对实时定量PCR,使用3mM到5mM的镁离子浓度。
6=退火温度太高
建议解决方法:
使用表4的公式估算Tm,把退火温度设定为低于Tm 5℃。因为这些公式只是估算Tm值,所有真正的退火温度实际会高些或低些。
7=引物浓度太低
建议解决方法:
最佳引物浓度介于0.1μM到0.5μM之间。为了精确确定引物浓度,在260nm测量光密度,然后使用光吸收值和消光系数计算浓度。
3.问题:RT-PCR特异性:在琼脂糖凝胶分析中观察到非预期条带。
可能原因:
1=物和模板非特异性退火
建议解决方法:
在第一链合成中使用GSP,而不是随机引物或oligo(dT)。
试用允许高温cDNA合成的GSP。
2=GSP设计较差
建议解决方法:
遵循用于扩增引物设计的同样原则
3=RNA中沾染了基因组DNA
建议解决方法:
使用扩增级DNaseⅠ处理RNA。使用没有逆转录的对照反应检测DNA污染。
4.问题:PCR特异性:在琼脂糖凝胶分析中观察到非预期条带。
可能原因:
1=形成引物二聚体
建议解决方法:
设计在3'端没有互补序列的引物。
2=引物和模板非特异性退火
建议解决方法:
以2℃到5℃间隔增加退火温度,减少退火时间。
在开始几个循环使用较高的退火温度,然后使用较低的退火温度。
使用Platinum Taq DNA进行自动热启动PCR。
避免在引物3'端含有2到3个dG或dC。
3=镁离子浓度太高
建议解决方法:
对于每一个模板和引物组合优化镁离子浓度。
4=因为扩增复杂模板导致引物错误起始
建议解决方法:
使用巢式PCR或递减PCR。
5=沾染外源DNA
建议解决方法:
使用抗气雾剂的tip和UDG。
6=因为二级结构导致引物结合位点无法接近
建议解决方法:
对于GC含量>50%的模板,使用(1×-3×)PCRx Enhancer Solution。
5.问题:PCR忠实性:PCR在产物序列中引入了错误
可能原因:
1=聚合酶忠实性低
建议解决方法:
使用带有校正活性的热稳定聚合酶,如Platinum Pfx DNA聚合酶。
2=循环数太多
建议解决方法:
降低循环数。
3=四种dNTP的浓度不同
建议解决方法:
制备新的dNTP混合物,保证四种核苷浓度相同。使用预混合物。
从RNA抽提到电泳鉴定
RNA抽提
一,准备工作
1, 实验器具与材料:
(1) 移液枪:1ml、200ul、10ul
(2) 吸头:1ml、200ul、20ul
(3) 吸头台:放置1ml吸头的一个,放置200ul和20ul的吸头一个
(4) EP管1.5ml、100ul
(5) 玻璃研磨器
(6) 容量瓶:1000ml
(7) 盐水瓶:100ml
(8) 15ml塑料管一个(配75%乙醇用)
2, 实验器具的处理与准备
(1) 塑料制品:(包括吸头、EP管等)
将塑料制品逐个浸泡于1‰DEPC水中(必要时小枪头需要用吸管打入DEPC水)37℃过夜,然后送至高压3次,后在80℃烘烤箱中烘干(或置于37℃中8小时左右烘干),试验前将枪头放入吸头台。
(2) 玻璃制品:(主要是玻璃研磨器)
先泡酸过夜,冲洗干净后,在1‰DEPC水中泡8小时左右,37℃烘干,用蒙锡纸包裹送至干烤3次。
(3) 金属制品:(镊子等)
先洗干净,再送干烤3次。(不需要泡DEPC水)
3, 试剂配制和准备:
(1) DEPC水:泡实验器具的DEPC水的配制:1000ml双蒸水中加1mlDEPC,放在1000ml容量瓶中静置4小时后备用。配75%乙醇的DEPC水的配制:100ml盐水瓶内装40ml双蒸水,加40ulDEPC,37℃过夜,送至高压。
(2) 75%乙醇(要在抽提时现配):用无水乙醇和DEPC水配制(DEPC水:无水乙醇=1:3),然后放于-20℃备用。
(3) 异丙醇:放入棕色瓶
(4) 氯仿:放入棕色瓶
(5) Trizol:100ml/瓶 存放于4℃
二,抽提时注意事项:
全程佩戴一次性手套和口罩,手套要勤换,避免戴上的一次性的手套接触可疑污染物。
三,抽提步骤
1.匀浆化作用
取约100mg鼠脑组织放于玻璃研磨器内,先加0.2ml的Trizol溶液,研磨组织后,倒入1.5mlEP管中,再在研磨器内加入0.8ml的Trizol溶液洗,后全部再倒入EP管中。颠倒混匀10下,室温静置5分钟。
2.分离阶段
每1mlTrizol中加0.2ml氯仿。盖紧样品管盖,用手用力摇晃试管15秒,使其充分混匀,室温静置5分钟。后12000rmp离心15分钟。
3.RNA的沉淀
将上层水相转入新的1.5mlEP管中(约400-500ul),加入0.5ml异丙醇,混匀后放于-20℃中1小时,后12000rmp离心10分钟。
4.RNA的洗脱
小心倒掉上清,留取沉淀。加1ml现配的75%的乙醇(预冷)振荡洗涤RNA沉淀一次,后7500rmp离心5分钟。
5.RNA的再溶解
小心倒掉上清,取沉淀置超净工作台开风机吹干(约30分钟,此时RNA沉淀变透明)。注意不能让RNA沉淀完全干燥(会极大地降低它地可溶性)。再在管中加20ul的DEPC水溶解,在55-60℃下孵育10分钟助溶。
6,RNA的保存
提取的RNA保存于-70℃超低温冰箱中,或立即用于逆转录。
TRIzol法抽提总RNA细胞
组织100mg 1×107
↓
加1mlTRIzol
↓细胞用1ml加样器吹至液体澄清且无细胞团块
匀浆(要彻底,后转至EP管)
(组织匀浆量>100mg时分装1ml/每EP管)
↓
颠倒混匀10下,室温5分钟
↓
加氯仿1/5体积(0.2ml)(必须按总体积的1/5)
↓
颠倒混匀15S,室温5分钟
↓
4℃,离心12000rmp,15分钟
↓
转上层水相(约400-500μl)于另一新1.5mlEP管中
↓
加等体积异丙醇(约400 -500μl),混匀后-20℃中1小时
↓
4℃,离心12000rmp,10分钟
↓
弃上清
↓
加冰预冷的75%乙醇(用高压后的DEPC水配)1ml
↓
4℃离心7500rmp,5分钟
↓
弃上清,超净工作台开风机干燥约30分钟(不能完全干燥)
↓
溶于DEPC水中至20μl(10μl-20μl)
(可在55-60℃水中,<10分钟助溶)
↓
立即保存于-70℃超低温冰箱中,或立即用于逆转录
逆转录(RT)
一,准备工作
1, 实验器具与材料:
(1)移液枪:200ul、10ul
(2)吸头:200ul、20ul
(3)EP管1.5ml、100ul
(4)水浴箱
2,实验器具的处理与准备
塑料制品:(包括吸头、EP管等)
将塑料制品逐个浸泡于1‰DEPC水中(必要时小枪头需要用吸管打入DEPC水)37℃过夜,然后送至高压3次,后在80℃烘烤箱中烘干(或置于37℃中8小时左右烘干),试验前将枪头放入吸头台。
3,试剂配制和准备:
(1)DEPC水:泡实验器具的DEPC水的配制:1000ml双蒸水中加1mlDEPC,放在1000ml容量瓶中静置4小时后备用。逆转录中所用的DEPC水的配制:100ml盐水瓶内装40ml双蒸水,加40ulDEPC,37℃过夜,送至高压,后分装到几个1.5mlEP管中,-20℃中保存备用。
(2)RT中所需要的各种试剂
(3)引物浓度计算方法: (新合成的引物的稀释) 假如终浓度为X uM(pmol/ul) 加DEPC水体积(ul)=(OD×33×1000000)/(分子量×X)
二,RT时注意事项:
为避免RNA酶污染,在RT中仍要佩戴一次性手套和口罩。
三,RT步骤
用SSⅢ逆转录酶进行RT(20ul体积)
1, 准备0.65ml的EP管
2, 冰上操作:在EP管中加入10ulDEPC水,1ul引物,1ul模板RNA,1uldNTP,短暂离心。
3, 65℃水浴5分钟后,立刻0℃冰水浴至少1分钟。
4, 短暂离心后,冰上操作:加入4ul 5×First-Strand Buffer,1ul 0.1MDTT,1ul RNAse Inhibitor,1ul SSⅢ逆转录酶。
5, 短暂离心
6, 50℃水浴60分钟进行逆转录。
7, 70℃水浴15分钟灭活逆转录酶
8, -20℃保存,或立即进行PCR。
用AMV逆转录酶进行RT(10ul体积)
1, 准备0.65mlEP管
2, 加入4.5ul DEPC水,1ul引物,1ul模板RNA
3, 稍离心,100℃沸水裕1min
4, 加入0.5uldNTP,2ul 5×Buffer,1ul AMV逆转录酶
5, 稍离心,封口膜封口,42℃水浴90℃作RT
6, 100℃沸水裕3min灭活AMV
7, 立即PCR或-20℃保存。
聚合酶链式反应(PCR)
二,准备工作
8, 实验器具与材料:
(1)移液枪:200ul、10ul
(2)吸头:200ul、20ul
(3)吸头台:放置200ul和20ul的吸头一个
(4)EP管1.5ml、100ul
2,实验器具的处理与准备
(1) 塑料制品:(包括吸头、EP管等)
送至高压3次,试验前将枪头放入吸头台。
3, 试剂配制和准备:
(1) 双蒸水: 100ml盐水瓶内装40ml蒸馏水,送至高压,后分装到几个1.5mlEP管中,-20℃中保存备用。
(2) PCR中所需要的各种试剂
三,PCR时注意事项:
佩戴一次性手套,同时避免戴上的一次性的手套接触可疑污染物。
四,PCR步骤
1, 准备100ul EP管
2, 依次在管中加入:(50ul反应体系)
ddH2O 37.5ul ×?
10mM dNTP 1ul ×?
10×PCR buffer 5ul ×?
25mM Mgcl2(加之前要摇匀) 3ul ×?
上游引物 1ul ×?
下游引物 1ul ×?
模板cDNA 1ul
3, 稍离心
4, 100℃沸水浴1分钟
5, 趁热加入Tag酶0.5ul(冰上操作)
6, 再加入50ul液体石蜡封闭
7, 10000rmp离心1分钟
8, PCR条件
94℃ 1min
58℃ 50sec
72℃ 1min30sec
进行40个循环,然后72℃ 10min 完后4℃保温。
9,10000rmp离心5min
10,将下层水相转入新的0.65mlEP管中,-20℃保存。
电泳鉴定
一,准备工作
1,实验器具与材料:
(1)移液枪:10ul
(2)吸头:20ul
(3)吸头台:放置200ul和20ul的吸头一个
(4)三角烧瓶:50ml一个
(5)琼脂糖
2,实验器具的处理与准备
(1) 塑料制品:(包括吸头等)
送至高压3次,试验前将枪头放入吸头台。
(2)电泳板及电泳槽:
用自来水冲洗干净备用
3, 试剂配制和准备:
(1) 电泳缓冲液(TAE):
先配制0.5mol/L,PH8.0的EDTA溶液:将37.2g EDTA-Na加入160ml蒸馏水中,在搅拌器上剧烈搅拌。在用NaOH调节溶液PH值至8.0(约需4gNaOH)。用蒸馏水定容至200ml。后送至高压灭菌。室温保存。
再配制50×TAE溶液:在400ml蒸馏水中溶解121g Tris碱,加入28.55ml冰乙酸和50ml 0.5ml/L EDTA溶液,再加蒸馏水定容至500ml,室温保存。
(2)琼脂糖溶液(1.0%):
50×TAE溶液取10ml,稀释成500ml,取50ml溶解0.5g琼脂糖,电炉上煮至沸腾,溶化的琼脂物冷却至60℃左右时加入10mg/ml EB 5ul,充分混匀,将温热的凝胶倒入已置好梳子的电泳板中,在室温下放置45min左右后进行电泳。
(3)溴化乙锭(EB)(10mg/ml):
在20ml水中加入0.2g溴化乙锭,磁力搅拌数小时。然后用铝箔包裹容器或将溶液转移至棕色瓶中,室温保存。
(4)加样缓冲液(Loading Buffer)一般为6×Loading Buffer
二,电泳鉴定时注意事项:
佩戴一次性手套,避免皮肤接触EB。无路做胶还是电泳缓冲液尽量用新的,不要超过两周。
三,电泳步骤
1, 50×TAE取10ml稀释成500ml,取50ml溶解0.5g琼脂糖。电炉上煮沸后加入EB 5ul。另外450ml TAE倒入电泳槽中。
9, 用透明胶封闭电泳板,琼脂糖溶液冷却至温热时,倒入带梳子的电泳板中,冷却后,拔出梳子,放入电泳槽中。
10, 加样:PCR Marker:1ul Marker+1ul Loading Buffer+4ul TAE混匀于塑料膜上,加入孔中。PCR样品:5ul 样品DNA+1ul Loading Buffer 混匀后依次加入孔中。
11, 接上电源,电压120V,电流50mA进行电泳。
12, 电泳约1小时后,紫外灯检测。
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